Du nord au sud de la Bourgogne, suivant les caractéristiques du millésime, la vinification en rouge comporte des approches sensiblement différentes pour certaines étapes. Par exemple, certains vignerons égrappent alors que d’autres vinifient « en vendange entière ». Le cépage joue aussi. Le Pinot Noir, particulièrement délicat, nécessite plus que tout autre raisin des gestes précis et mesurés.
La fabrication du vin rouge commence par la fermentation alcoolique (durant laquelle le jus de raisin se transforme en vin), qui se fait avec les différentes parties de la baie : jus, pulpe, peau et pépins, alors que pour le vin blanc, les raisins sont directement pressés. En effet, le jus incolore du Pinot Noir ou du Gamay doit être mis en contact avec la peau pour qu’elle lui donne sa couleur. La peau et les pépins apportent également les tanins au vin.
Le pigeage est également un trait distinctif des vins rouges. Aujourd’hui, il se fait rarement « au pied », le folklore ayant cédé la place à un matériel plus adapté, qui respecte tout autant la matière. Cette étape quotidienne casse le « chapeau » de marc, pour que les peaux et les pépins plongent dans jus et l’enrichissent (couleur, tanin …).
Après fermentation, le vin sera pressé puis placé en fûts ou en cuves pour l’élevage.
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Des micro-organismes (bactéries lactiques) transforment l’acide malique naturellement présent dans le raisin, en acide lactique. De nouveaux arômes apparaissent également. Le froid bloque le déroulement de cette fermentation, c’est pour cela qu’elle ne démarre souvent qu’au printemps avec la hausse des températures. Cette réaction est également accompagnée d’un dégagement de gaz carbonique. La plupart du temps elle a lieu en fûts.